O Centro Projeto Águia Dourada iniciou suas atividades há 4 anos, a partir da iniciativa do jovem Andercícero Paulo de Jesus Silva (na época com 14 anos), com a colaboração do amigo e colega Lucas Ferreira Cerqueira (16 anos). Educandos do Projeto Axé (Unidade Ayrton Senna – OPA) e inspirados nesse trabalho, estes adolescentes começaram a desenvolver atividades educativas com crianças e jovens do bairro de Pituaçú, Boca do Rio e adjacências. Contavam nesta época com o apoio de outros quatro adolescentes, na faixa etária de 13 a 17 anos. Os jovens trabalhavam de forma voluntária e o recurso financeiro para a realização das atividades eram as duas bolsas auxílio recebidas no Projeto Axé, cada uma no valor de vinte reais. A condição para participar das atividades era que os educandos estivessem freqüentando a escola. As aulas eram realizadas na rua e na sede da Associação do Bairro. Contavam, para isto, com o apoio dos moradores, da Associação e dos amigos.
Em 2000, receberam o Prêmio Jovem Voluntário – patrocinado pela Fundação C&A / Odebrecht. Com isso se tornaram mais conhecidos e empenhados na continuidade do trabalho. Pessoas de outras instituições encantadas com tamanha iniciativa passaram a colaborar na confecção de projetos que pudessem refletir a proposta do Centro Projeto Águia Dourada, assim como possibilitar a captação de recursos junto a financiadores. No ano de 2001 participaram do Programa Capacitação Solidária. Em 17 de julho de 2001, o Centro Projeto Águia Dourada foi registrado em cartório, tendo como presidente a voluntária, amiga e colaboradora, Rita de Oliveira do Nascimento, visto que os jovens eram menores de 18 anos. Em 2002, foi tirado o CNPJ e o Projeto se tornou uma organização não governamental sem fins lucrativos.